Perusahaan memiliki komitmen yang tinggi untuk menciptakan iklim usaha yang sehat, menghindari tindakan, perilaku ataupun perbuatan-perbuatan yang dapat menimbulkan konflik kepentingan, Korupsi, Kolusi dan Nepotisme (KKN) serta selalu mengutamakan kepentingan Perusahaan di atas kepentingan pribadi, keluarga, kelompok ataupun golongan. Perusahaan juga senantiasa memperhatikan kebijakan anti korupsi sebagaimana dalam Undang Undang No. 20 tahun 2001 tentang Perubahan atas Undang Undang No. 31 tahun 1999 tentang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi. Sejalan dengan hal di atas, Perusahaan berkomitmen dalam pengendalian fraud melalui penetapan Kebijakan dan Komitmen Anti-Fraud Pupuk Indonesia Group.

PT Pupuk Indonesia (Persero) juga melakukan pengembangan Sistem Pengendalian Fraud (Fraud Control System) dengan melakukan kerjasama dengan BPKP yang telah dimulai sejak tahun 2017. Perusahaan telah menetapkan Tim Fraud Control System dan Pedoman Sistem Pengendalian Fraud (Fraud Control System) No.Dok PISEK-PD-014 sebagai panduan untuk mengatur, memastikan, dan memonitor proses pelaksanaan kebijakan maupun strategi dalam pelaksanaan Sistem Pengendalian Fraud (Fraud Control System).